海洋分子微生物学研究室

ご挨拶

海洋においては、外洋域、深海、海底熱水孔、極地、赤潮海域、沿岸養殖漁場など種々の特徴を有する環境が存在し、そこには極めて多様な微生物が生息している。これら海洋並びに湖沼に生息する微生物(ファージ、細菌、古細菌および真核微細藻)の多様性と水圏環境下での生存戦略や他の生物との相互作用、それに関る物質の作用機作を生態学、生理・生化学、分子生物学を総合して解析するとともに、それらがもつ新規な遺伝子資源を利用することを目指している。これを「海洋分子微生物学」と位置づけている。

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所在地・連絡先

〒606-8502 京都市左京区北白川追分町
京都大学大学院農学研究科
応用生物科学専攻海洋分子微生物学分野
農学部総合館 4階 E410号室
Tel; 075-753-6217
Fax; 075-753-6226
e-mail;

新着情報

2016.06.24
今年度新たに日本学術振興会に申請していた、科学研究費基盤研究(A)と(S)の採択が決まりました。まず、基盤研究 (A) が採択されました。また、(A)を包括し発展させた基盤研究 (S)(平成28年~32年度)についても ヒアリングに残り、プレゼンの結果採択が決まりました。研究課題は、「時空間的探索による一酸化炭素資化菌の包括的研究とその応用基盤の構築」です。本結果を受けて、(S)の研究課題のみを遂行することになりました。 そこで本研究のスタートを祝してラボでパーティを行いました。 おめでとうございます。 これまでの成果を活かし、さらなる成果を上げるため一丸となって研究を進めていきましょう!
2016.06.07
2016年5月28~29日、北海道大学大学院水産科学研究院および函館市国際水産・海洋総合センターにおいて、「第18回マリンバイオテクノロジー学会大会」が開催されました。当研究室から院生1名がポスター発表を行いました。

ポスター発表 題目
大前公保
水素生成型新規一酸化炭素資化性好熱細菌Calderihabitans maritimusのゲノム解析
2016.04.27
2016年4月22日、新たなメンバーの歓迎会を行いました。皆で大変盛り上がり楽 しい時間を共有することができました。
2016.04.11
新年度の顔合わせを行いました。今年は4回生4人、修士1人、PD研究員1人を新たに迎えました。これで4回生4人、修士課程8人、博士課程4人、PD1人と今年度も賑やかな研究室になりました。これからよろしくお願いします。
2016年3月26~30日、東京海洋大学(品川キャンパス)において、「平成28年度日本水産学会春季大会」が開催されました。当研究室から院生4名が口頭発表を行いました。

口頭発表 題目
福山宥斗
オーミックス解析を用いた一酸化炭素 (CO) 資化性菌の CO による転写変動解析
森本大地
アオコ原因ラン藻Microcystis aeruginosaにおけるファージ感染による転写動態変化の網羅的解析
綿井博康
完全長ゲノムに基づく海洋ウイルスの定量的動態解析とその宿主微生物の推定
弓矢真穂 超好熱古細菌Aeropyrum pernixに感染する新規ウイルスの探索
また、当研究室のOBやOGと歓談し、株式会社生物技研の中野江一郎さん、産業技術総合研究所の米田恭子博士と記念写真を撮影しました。
2016.02.22
2016年2月17日、3月から就職される博士修了2人、修士修了5人(うち2人は博士課程進学)の7人の送別会と謝恩会を行いました。皆様の益々のご活躍とご多幸を心よりお祈り申し上げます。
2016.02.12
2016年2月10日、課題研究発表会が行われました。当研究室から4名がポスター発表を行いました。

ポスター発表 題目
笈西優
陸性熱水環境からの新規超好熱古細菌の分離と生理性状解析
大黒達希
カルデラ湖堆積物からの新規好熱性CO資化菌の分離とゲノム解析
晴気七菜
大阪湾に優占する未知ウイルス-微生物感染系の確立の試み
山中ももこ
有毒ラン藻Microcystis aeruginosaの群集構造解析と本種ファージの探索
2016年2月8日、修士論文発表会が行われました。当研究室から5名が口頭発表を行いました。

口頭発表 題目
池田栄太朗
陸上熱水環境由来の新規水素生成型一酸化炭素資化性菌の分離とそのゲノム解析
大前公保
新規一酸化炭素資化性好熱菌のゲノム解析を通じたCO代謝の多様性
藤原慎
ウイルス相互作用によるゲノム多様化の解明に向けた超好熱古細菌Aeropyrum pernixの個体群解析
見世健太
一酸化炭素資化性菌の生態学的機能解明を目的とした微生物群集構造解析
綿井博康
完全長ゲノムに基づく海洋微生物ウイルスの定量的動態解析とその宿主予測の試み
2016.02.04
2016年2月3日、当ラボで博士研究員をされ、現在はマレーシアサインズ大学のCentre for Chemical Biologyにおいて研究をされている古澤剛博士によるセミナーが行われました。興味深い講演をしていただいたあと、古澤博士と当研究室の学生、院生、スタッフで記念写真を撮影しました。古澤博士、ありがとうございました。
2016.02.02
2016年1月4日、当研究室3代目名誉教授の石田祐三郎先生が、新年のご挨拶に農学研究科を訪問され、ご来研されました。歓談の後、石田先生と当研究室の学生、院生、スタッフで記念写真を撮影しました。石田先生は83歳になられた今もご覧のように大変お元気です。
2015.12.25
2015年12月21日、忘年会を行いました。今年も一年お疲れさまでした。来年からも頑張りましょう!
2015年12月17日、博士課程3回生の橋本怜弥さんの博士論文申請講演会が行われました。

申請講演会 題目
橋本怜弥 沿岸海域における窒素固定ラン藻の生態・ゲノム学的研究(Ecological and genomic studies on diazotrophic cyanobacteria in coastal seas)
2015年11月22~24日、福岡国際会議場において、「第63回ウィルス学会学術集会」が開催されました。市民公開講座において吉田天士先生が講演されました。

講演 題目
吉田天士
海はウィルスで満ちている
2015年11月16日、かずさアカデミアホールにおいて、「藍藻の分子生物学2015」が開催されました。招待講演において吉田天士先生が講演されました。

講演 題目
吉田天士
環境におけるMicrocystis aeruginosaとファージのせめぎ合い
また、当研究室から院生2名がポスター発表を行いました。

ポスター発表 題目
中村銀士
有毒ラン藻Microcystis aeruginosa感染性ファージの地理的差異
橋本怜弥
海洋性窒素固定ラン藻UCYN-Cの新規分離株のゲノム解読
2015年10月29~31日、京都大学おうばくプラザにおいて、「生命医薬情報学連合大会 2015 年大会(日本バイオインフォマティクス学会2015年年会)」が開催されました。「細菌群集構造解析のためのバイオインフォマティクス実践演習」のセッションにおいて吉田天士先生が講演されました。

講演 題目
吉田天士
完全長ゲノムの再構築による海洋ウイルス生態学の転換
2015.10.23
2015年10月17~20日、茨城県土浦亀城プラザにおいて、「第7回日本・台湾・韓国国際微生物生態シンポジウムおよび日本微生物生態学会第30回大会合同学会」が開催されました。当研究室から院生4名がポスター発表を行いました。

ポスター発表 題目
福山宥斗
RNA-Seq provides insights into the novel carbon monoxide metabolism in Carboxydothermus pertinax
森本大地
Transcriptome analysis of Microcystis aeruginosa during Ma-LMM01 infection
大前公保
Genomic adaptation of the thermophilic hydrogenogenic carboxydotrophic bacterium from marine sediment, Calderihabitans maritimus KKC1, driven by carbon monoxide dehydrogenases
綿井博康 Metagenomic analysis of viral communities in Osaka bay, Japan
綿井博康さんはポスター賞を受賞されました。おめでとうございます。
また懇親会では、当研究室のOBや関係者と歓談し、ルイジアナ州立大学のGary M. King博士、海洋研究開発機構の高井研博士、布浦拓郎博士、ファスマック株式会社の中野江一郎さん、東京工業大学の望月智弘博士、水谷紗弥佳博士、産業技術総合研究所の米田恭子博士、京都大学の中川聡先生、神川龍馬先生、緒方博之先生、西村陽介さんと記念写真を撮影しました。とても賑やかな懇親会となりました。
2015.07.17
2015年7月10日に当ラボOBで現在和歌山県水産試験場で研究活動を行っている中山仁志博士が来研されました。博士の研究対象であるアユの冷水病についての講演をしていただき、和歌山県の水産環境やアユとその感染症について大変勉強になりました。先輩から大いに刺激を受け、有意義な時間となりました。中山博士、ありがとうございました。
2015.07.17
2015年6月26日に、京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター緒方研究室の客員准教授のPascal Hingamp博士によるランチョンセミナーが行われました。皆でピザランチやお話を楽しんだ後、Pascal博士が参加するタラ海洋探査国際・学際コンソーシアムによる研究成果について、興味深い講演をしていただきました。この研究成果は、既に米国科学誌Scienceに5報の論文として掲載されており、海洋性浮遊生物に関する地球規模での研究知見に、大変刺激を受けました。Pascal博士、ありがとうございました。

講演者 題目
Dr. Pascal Hingamp      Tara Oceans Project: marine plankton at planetary scale
2015.07.17
2015年6月7日~11日にオランダで開催されたThe 6th Congress of European Microbiologists (FEMS 2015) で、当ラボの吉田天士准教授が発表しました。

題目
Population dynamics of a cyanobacterium microcystis aeruginosa using amplicon analysis for the leader-end crispr fragments
全体として、医学系や食品系の発表が多く、ヨーロッパにおいても環境におけるウイルスの認知度はまだまだ低いようです。しかしながら、大会のオープニングレクチャーは環境ウイルスの数の多さや多様性に注目したものであり、今後環境ウイルス学の益々の発展が期待されるとのことでした。
2015.06.16
2015年6月2日に、チリのアントファガスタ大学 海洋科学部教授のカルロス リケルメ博士が来研されました。 カルロス先生は本研究室で博士を取得して、母校のアントファガスタ大学で教授となられ、海洋微細藻が生産する抗酸化作用を有するルテインの効率的な生産系に
ついて研究されています。久しぶりに研究や留学生の受け入れ等について、楽しく懐かしい話が弾みました。
お元気で益々のご活躍をお祈りいたします。
2015.06.03
2015年5月30、31日、東京海洋大学において第17回日本マリンバイオテクノロジー学会大会が開催されました。当研究室から2名が口頭発表を行いました。

口頭発表 題目
藤原慎 超好熱古細菌Aeropyrum属における宿主-ウイルス相互作用の解明
弓矢真穂 超好熱古細菌Aeropyrum pernixに感染する新規ウイルスの探索
写真は口頭発表後、東京海洋大学キャンパス内にて撮影しました。
2015.05.16
新入生歓迎会を行いました。皆で楽しい一時を過ごすことができました。
2015.04.21
新年度の顔合わせを行いました。今年は四回生四人、博士一人を新たに迎えました。これからよろしくお願いします。
2015.04.15
2015年3月27日~31日、東京海洋大学において平成27年度日本水産学会春季大会が開催されました。当研究室から6名が口頭発表を行いました。 
口頭発表 題目
中村銀士 共存する細菌・ファージ感染系によるラン藻Mycrocystis aeruginosaの間接的な溶藻
橋本怜弥 海洋性新規窒素固定ラン藻YR-1株のゲノム解読
福山宥斗 網羅的転写解析による一酸化炭素(CO)資化性菌のCO代謝機構の解明
大前公保 水素生成型一酸化炭素資化性菌Calderihabitans maritimus KKC1と酢酸生成菌Moorella spp.の比較ゲノム解析
見世健太 次世代シーケンサーを用いた高温強酸温泉における微生物群集構造解析
綿井博康 次世代シーケンサーを用いた未知の海洋細菌-ウイルス感染系の推定
吉田天士先生が平成26年度日本水産学会進歩賞を受賞されました受賞式のあと、東京海洋大学の桜の下で記念写真を撮りました。吉田先生、おめでとうございます。

また会員交歓会では、当研究室のOBや関係者と歓談し、福井県立大学の横山芳博先生と前田知己さん、近畿大学の安藤正史先生、東京工業大学の望月智弘さんと記念写真を撮りました。とても賑やかな交歓会となりました
2015.03.16
2015年2月26日、3月から就職されるPD1人、博士修了1人、修士修了3人(うち1人は博士課程進学)の4人の送別会と謝恩会を行いました。先輩方の益々のご活躍とご多幸を心よりお祈り申し上げます
 
2015年2月13日、卒業論文のポスター発表が行われました。当研究室から4名が発表しました
口頭発表 題目
清水千尋 熱水環境由来の水素生成型CO資化集積培養系のゲノム解析
中田舞 Microcystis aeruginosaにおけるファージ耐性に関与する遺伝子変異の探索
弓矢真穂 超好熱古細菌Aeropyrum pernixに感染する新規ウィルスの分離と性状解析
吉安勇人 未知の宿主-ウィルス感染系探索のためのMagneto-FISH法の確立
2015.02.12
2015年2月9日、修士論文の口頭発表が行われました。当研究室から3名が発表しました
口頭発表 題目
上原美翔 有毒ラン藻Microcystis aeruginosaにおけるファージ耐性遺伝子領域の多様化
福山宥斗 好熱細菌Carboxydothermus pertinax Ug1におけるCOの酸化と共役した新規水素生成経路の解明
増田真帆 新規系統群に属する海産窒素固定ラン藻のゲノム解析
2015.02.09
2015年1月20~22日、伊豆半島の熱水環境においてサンプリングを行いました。多様な泉源をめぐることができ、充実したサンプリングとなりました。
 
2014年12月26日、大掃除と忘年会を行いました。2015年が素敵な年となりますように。
また、吉田天士先生が3月に日本水産学会進歩賞を受賞されることが決まり、ケーキでお祝いをしました。吉田先生、おめでとうございます
 
2014.12.05
2014年11月22日、京都大学において日本水産学会近畿支部例会が開催されました。当研究室から2名が口頭発表を行いました。
口頭発表 題目
大福高史 好熱古細菌クレンアーキオータ門のゲノム進化
福山宥斗 好熱菌Carboxydothermus pertinaxの一酸化炭素代謝と共役する新規水素生成機構の探索
当口頭発表において福山さんは優秀発表賞を受賞されました。おめでとうございます。
2014年11月20日、博士課程3回生の大福高史さんの博士論文申請講演会が行われました。 
申請講演会 題目
大福高史 Genomic analysis of the marine hyperthermophilic archaeon Aeropyrum (海洋性超好熱古細菌Aeropyrum属のゲノム解析)
2014.11.17
2014年10月21~24日、アクトシティ浜松において環境微生物系学会合同大会2014が開催されました。当研究室から2名がポスター発表、2名が口頭発表を行いました。 
口頭発表 題目
上原美翔 環境中におけるラン藻 Microcystis aeruginosa の CRISPR に基づく個体群解析
藤原慎 超好熱古細菌 Aeropyrum 属におけるウィルス感染履歴配列の解析
ポスター発表 題目
本田貴史 ファージ Ma-LMM01 感染過程における Microcystis aeruginosa の遺伝子転写解析
池田栄太朗 熱水環境中の一酸化炭素資化性好熱菌の分子生態学的研究
写真はポスター発表会場にて当研究室のOB、OGと撮影しました。
  
2014.10.16
2014年9月20~21日、九州大学において平成26年度日本水産学会秋季大会が開催されました。当研究室から3名が口頭発表を行いました。 
口頭発表 題目
橋本怜弥 瀬戸内海における単細胞性窒素固定ラン藻の生態学的研究
綿井博康 日本近海における共生型単細胞性窒素固定ラン藻とその宿主藻類の生態学的研究
大前公保 海洋性水素生成型一酸化炭素資化性好熱細菌Calderihabitans maritimus KKC1のゲノム解析

また会員交歓会では、当研究室のOBや関係者と歓談し記念写真を撮りました。
2014.06.27
キャノン財団理想の追求「ウイルスは海洋生物多様性を創生・維持する素粒子か?」のキックオフミーティングを、京大化学研究所バイオインフォマティクスセンター(緒方教授、五斗准教授)にて、多くの両院生が参加して開催しました。写真は、お世話になっているスーパーコンピューターです。
2014.05.27-29
修士課程の4人が九州の温泉環境でサンプリングを行ってきました。充実したサンプリングでした。
2014.04.23
新入生歓迎会を行いました。みんなで楽しい時間を過ごすことができました。
2014.04.18
東京都大手町にある経団連にて、キヤノン財団贈呈式が行われました。研究代表者の吉田先生が、キヤノン(株) CEOの御手洗富士夫会長から研究費を晴れて授与されました。
2014.04.04
新年度の顔合わせを行いました。今年は新たに4回生4人、修士1回生1人を迎えました。これからよろしくお願いします。
2014.02.19
修士論文の口頭発表が行われました。当研究室から2名が発表しました。
高尾郷介 一酸化炭素資化性好熱菌Carboxydothermus属の比較ゲノム解析
高橋春菜 有毒ラン藻Microcystis aeruginosaファージの感染過程における転写制御機構に関する研究
また、同日、送別会を行いました。先輩方の今後のご活躍を心よりお祈り申し上げます。
2014.02.12
卒業論文のポスター発表が行われました。当研究室から4名が発表しました。
池田栄太朗 熱水環境における一酸化炭素資化性菌の生態学的研究
大前公保 CO資化性好熱菌Calderihabitans maritimus KKC1株のゲノム解析
藤原慎 超好熱古細菌Aeropyrum属におけるウイルス感染履歴配列の解析
綿井博康 日本近海における共生型単細胞性窒素固定ラン藻の分離およびその宿主藻類の生態学的研究
2014.01.23
2014年1月16日、博士課程3回生の本田貴史さん、佐藤希美さんが博士論文申請講演会を行われました。
本田貴史 Studies on transcriptional regulation in a toxic cyanobacterium Microcystis aeruginosa
(有毒ラン藻 Microcystis aeruginosa の遺伝子転写制御に関する研究)
佐藤希美 X-ray crystal structure analysis of reduced and ligand-bound nitric oxide reductase from Pseudomonas aeruginosa
(Pseudomonas aeruginosa 由来還元型および配位子結合型一酸化窒素還元酵素のX線結晶構造解析)
2013.12.27
2013年12月26日、大掃除と忘年会を行いました。
今年も一年お疲れさまでした。来年からも頑張りましょう!
2013.11.29
2013年11月23~25日、鹿児島大学において第29回日本微生物生態学会大会が開催されました。 当ラボからも3つの口頭発表、2つのポスター発表を行いました。
口頭発表 題目
橋本怜弥 瀬戸内海における単細胞性窒素固定ラン藻の分布調査
福山宥斗 一酸化炭素資化性好熱菌Carboxydothermus pertinax のCO代謝
米田恭子 熱水環境中の一酸化炭素資化性好熱Carboxydothermusの分子生態学的研究
ポスター発表 題目
中村銀士 有毒ラン藻Microcystis aeruginosa感染性シアノファージの遺伝的多様性
大福高史 超好熱アーキアAeropyrum属のゲノム多様性
当ポスター発表において、中村さんは優秀ポスター賞を受賞されました。おめでとうございます。
2013年11月21日、博士課程3回生の米田恭子さん、井上喬裕さんが博士論文申請講演会を行われました。
米田恭子 Physiological and ecological studies on novel _carboxydotrophic thermophiles (新規一酸化炭素資化性好熱菌の生理生態学的研究)
井上喬裕 Genetic engineering studies of Ni-carbon monoxide _dehydrogenase from a thermophilic carboxydotrophic _bacterium (好熱性カルボキシドトロフ由来一酸化炭素デヒドロゲナーゼに関する遺伝子工学的研究)
2013年11月3~7日、アメリカのフロリダでAquatic Virus Workshop 7が開催されました。当ラボからは次の口頭発表を行いました。
吉田 天士Co-evolution between the bloom-forming cyanobacteria Microcystis aeruginosa and its phages